Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari sekolah dasar kelas tiga. Namun, cinta untuk Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, memimpinnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas Amerika top, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya terus di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Dalam waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
